Archive for June 27, 2017

Persistent Arthralgia Associated Chikungunya Virus Outbreak, US Virgin Islands, December 2014–February 2016

Emerging Infectious Diseases. April 2017 V.23 N.4 P.673-676.

Leora R. Feldstein, Ali Rowhani-Rahbar, J. Erin Staples, Marcia R. Weaver, M. Elizabeth Halloran, Esther M. Ellis

Author affiliations: Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, Washington, USA (L.R. Feldstein, M.E. Halloran); University of Washington, Seattle (A. Rowhani-Rahbar, M.R. Weaver, M.E. Halloran); Centers for Disease Control and Prevention, Fort Collins, Colorado, USA (J.E. Staples); US Virgin Islands Department of health, Saint Croix, US Virgin Islands (E.M. Ellis)

After the 2014–2015 outbreak of chikungunya virus in the US Virgin Islands, we compared the prevalence of persistent arthralgia among case-patients and controls. Prevalence was higher in case-patients than controls 6 and 12 months after disease onset. Continued vaccine research to prevent acute illness and long-term sequelae is essential.

PDF

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/23/4/pdfs/16-1562.pdf

Advertisements

June 27, 2017 at 5:37 pm

Multidrug-resistant Candida auris: “new kid on the block” in hospital-associated infections?

Rev Chilena Infectol. April 2017 V.34 N.2 P.192.

Revista de Revistas

Candida auris multi-resistente en infecciones nosocomiales.

Fuente: Chowdhary A, Voss A, Meis J F. J Hosp Infect 2016; 94: 209-12.

[Article in Spanish]

Tapia C1, Batarce C1.

Author information

1 Facultad de Medicina, Universidad de Chile, Chile.

Es un artículo de revisión sobre una levadura emergente, Candida auris. Se destaca la importancia de la emergencia de esta especie en infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS).

Candida auris fue aislada por primera vez en una muestra ótica (2009), y posteriormente en sangre. Ya ha producido varios brotes de candidemia en el mundo.

Calvo y cols., reportaron el primer aislado en Latinoamérica en 2016. Es una especie que presenta multirresistencia a los antifúngicos.

Infecciones del torrente sanguíneo (ITS) por Candida y las implicancias de las especies no albicans:

Estimándose en 400.000 casos en el mundo, la infección por Candida spp. es más frecuente en países en vías de desarrollo. Las tasas de mortalidad cruda y atribuible a candidemia es de 42 y 27%, respectivamente.

La colonización por Candida ocurre en más de 80% de los pacientes críticamente enfermos, después de una semana en Unidad de Cuidados Intensivos (UCI). A pesar de los avances en pruebas diagnósticas rápidas, el diagnóstico microbiológico de la candidemia es tardío.

Por otra parte la distribución de especies ha cambiado en los últimos años, con emergencia de especies no-albicans, lo que se ha asociado a la profilaxis con azoles y equinocandinas, que ha ido seleccionando especies multi-resistentes. Candida auris ha emergido como agente de IAAS, causando falla terapéutica y diseminación en el ambiente hospitalario.

Esta especie es resistente a la primera línea de antifúngicos como fluconazol, exhibiendo susceptibilidad variable al resto de los azoles, anfotericina B y equinocandinas.

Estas infecciones deben ser notificadas al centro de control de enfermedades (CDC) de E.U.A.

Emergencia mundial y diseminación nosocomial de C. auris multi-resistente en centros de salud:

Desde la aparición del primer caso de candidemia en Corea, este agente se ha diseminado por el mundo, con casos en hospitales de India, Sudáfrica, Kuwait, Brasil, Venezuela, E.U.A, Reino Unido y Paquistán.

Cabe señalar, que ha habido identificaciones erróneas de esta especie anteriormente, pudiendo ser informadas como C. haemulonii, C. sake, Sacharomyces cerevisiae y Rodothorula glutinis por sistemas como Vitek2 y API20C-AUX.

El diagnóstico de C. auris se realiza fundamentalmente mediante secuenciación (regiones ITS o LSU) o por “matrix-assisted laser desorption//ionization time-of-flight mass espectrometry” (MALDI-TOF). Un nuevo panel independiente de cultivo “T2 Candida panel” detectaría rápida y directamente cinco agentes de candidemia, pero no C. auris.

Los pacientes con C. auris tienen riesgos similares que aquellos con otras especies de Candida.

La mortalidad cruda de la candidemia por C. auris es de 30-70% y se asocia a cuadros prolongados (10-50 días) lo que facilita la diseminación en el hospital.

Estudios recientes en aislados en India, sugieren una baja diversidad genética de las cepas (alto parentezco) lo que hace pensar que posiblemente esta especie emergió sólo recientemente.

Resistencia antifúngica de C. auris

Aún no existen puntos de corte para la susceptibilidad de C. auris a los antifúngicos. Esta especie es altamente resistente a fluconazol (CIM90 > 64 mg/L) y un tercio de los aislados presenta una CIM elevada a voriconazol (≥ 2 mg/L) y a anfotericina B.

Pocas cepas tienen CIMs elevadas a equinocandinas. Su perfil de resistencia a las tres grandes familias de antifúngicos limita las alternativas terapéuticas.

Esta especie se encuentra relacionada genéticamente con C. haemulonii, que tiene resistencia intrínseca a anfotericina B y fluconazol.

Hasta el momento no se conocen claramente los mecanismos de resistencia. Al parecer sería inducible por la presión de selección produciendo cambios mutacionales rápidos.

Un estudio genético reciente demostró que esta especie tendría copias únicas de varios genes relacionados con resistencia a los antifúngicos como ERG3, ERG11, FKS1, FKS2 y FKS3 además de una mayor proporción de genes de familias de transportadores ABC y MSF (bombas de eflujo), que podrían explicar la multirresistencia.

Es probable que el uso no meditado de antifúngicos, se haya traducido en la emergencia de C. auris como un patógeno multi-resistente exitoso.

Dada las elevadas CIMs a anfotericina B, como terapia de primera línea debieran usarse equinocandinas, con prueba de susceptibilidad antifúngica. Además debe vigilarse la susceptibilidad antifúngica en pacientes infectados o colonizados por este agente.

Prevención y control de infecciones

La colonización por este microorganismo es difícil de erradicar, tendiendo a persistir. También se han descrito reservorios ambientales en algunos brotes.

El CDC recomienda en pacientes colonizados e infectados el uso de habitación individual y precauciones estándar y de contacto.

También se sugiere un tamizaje semanal de colonización de piel y mucosas en pacientes con larga estadía hospitalaria, pues aún se desconoce el sitio de predilección de colonización por este agente.

Debe haber coordinación multidisciplinaria entre microbiólogos y especialistas en IAAS de cada institución para implementar políticas de control.

Los elementos clave son: adherencia al lavado de manos del personal de salud, medidas generales de prevención y control de infecciones en cuanto al ambiente y fomites, a pesar que C. auris in vitro es multi-resistente a varios agentes desinfectantes, una política eficiente de eliminación de desechos y estudio cauteloso de los beneficios de la profilaxis antifúngica en unidades clínicas donde C. auris haya sido aislada, por el riesgo de diseminación de esta especie cuando se usa fluconazol profiláctico.

Conclusión

El impacto potencialmente devastador de las infecciones invasoras por esta especie multi-resistente tanto en pacientes como en servicios clínicos no debe ser desestimado.

Se requiere continuar aportando información al conocimiento de la epidemiología global de esta infección emergente y de cómo prevenirla.

En Chile, hasta el momento no hay casos descritos, pero debemos estar atentos pues esta especie se ha diseminado rápidamente habiéndose ya descrito en Latinoamérica.

Cecilia Tapia y Christian Batarce

Programa de Microbiología y Micología, ICBM – Facultad de Medicina, Universidad de Chile.

PDF

http://www.scielo.cl/pdf/rci/v34n2/art15.pdf

 

June 27, 2017 at 8:29 am

Candida auris: A rapidly emerging cause of hospital-acquired multidrug-resistant fungal infections globally.

PLoS Pathog. May 18, 2017 V.13 N.5 P.:e1006290.

Chowdhary A1, Sharma C1, Meis JF2,3.

Author information

1 Department of Medical Mycology, Vallabhbhai Patel Chest Institute, University of Delhi, Delhi, India.

2 Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Canisius-Wilhelmina Hospital, Nijmegen, the Netherlands.

3 Centre of Expertise in Mycology Radboudumc/CWZ, Nijmegen, the Netherlands.

PDF

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5436850/pdf/ppat.1006290.pdf

June 27, 2017 at 8:25 am

Rapid and accurate molecular identification of the emerging multidrug resistant pathogen Candida auris.

J Clin Microbiol. May 24, 2017 pii: JCM.00630-17.

Kordalewska M1, Zhao Y2, Lockhart SR3, Chowdhary A4, Berrio I5,6,7, Perlin DS1.

Author information

1 Public Health Research Institute, Rutgers Biomedical and Health Sciences, Newark, New Jersey, USA milena.kordalewska@rutgers.edu perlinds@njms.rutgers.edu.

2 Public Health Research Institute, Rutgers Biomedical and Health Sciences, Newark, New Jersey, USA.

3 Mycotic Diseases Branch, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA.

4 Department of Medical Mycology, Vallabhbhai Patel Chest Institute, University of Delhi, Delhi, India.

5 Clínica El Rosario, Medellín, Colombia.

6 Medical and Experimental Mycology Group, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia.

7 Hospital general de Medellin “Luz Castro de Gutiérrez” ESE, Medellín, Colombia.

Abstract

Candida auris is an emerging multidrug resistant fungal pathogen causing nosocomial and invasive infections associated with high mortality. C. auris is commonly misidentified as several different yeast species by commercially available phenotypic identification platforms.

Thus, there is an urgent need for a reliable diagnostic method. In this paper we present fast, robust, easy to perform and interpret PCR and real-time PCR assays to identify C. auris and related species: Candida duobushaemulonii, Candida haemulonii, and Candida lusitaniae Targeting rDNA region nucleotide sequences, primers specific for C. auris only or C. auris and related species were designed.

A panel of 140 clinical fungal isolates was used in both PCR and real-time PCR assays followed by electrophoresis or melting temperature analysis, respectively. The identification results from the assays were 100% concordant with DNA sequencing results.

These molecular assays overcome the deficiencies of existing phenotypic tests to identify C. auris and related species.

PDF

http://jcm.asm.org/content/early/2017/05/18/JCM.00630-17.long

June 27, 2017 at 8:24 am

Ongoing Transmission of Candida auris in Health Care Facilities – United States, June 2016-May 2017.

MMWR Morb Mortal Wkly Rep. May 19, 2017  V.66 N.19 P.514-515.

Notes from the Field:

Tsay S, Welsh RM, Adams EH, Chow NA, Gade L, Berkow EL, Poirot E, Lutterloh E, Quinn M, Chaturvedi S, Kerins J, Black SR, Kemble SK, Barrett PM; MSD, Barton K, Shannon DJ, Bradley K, Lockhart SR, Litvintseva AP, Moulton-Meissner H, Shugart A, Kallen A, Vallabhaneni S, Chiller TM, Jackson BR.

In June 2016, CDC released a clinical alert about the emerging, and often multidrug-resistant, fungus Candida auris and later reported the first seven U.S. cases of infection through August 2016 (1).

Six of these cases occurred before the clinical alert and were retrospectively identified. As of May 12, 2017, a total of 77 U.S. clinical cases of C. auris had been reported to CDC from seven states: New York (53 cases), New Jersey (16), Illinois (four), Indiana (one), Maryland (one), Massachusetts (one), and Oklahoma (one) (Figure).

All of these cases were identified through cultures taken as part of routine patient care (clinical cases).

Screening of close contacts of these patients, primarily of patients on the same ward in health care facilities, identified an additional 45 patients with C. auris isolated from one or more body sites (screening cases), resulting in a total of 122 patients from whom C. auris has been isolated……

PDF

https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/66/wr/pdfs/mm6619a7.pdf

June 27, 2017 at 8:22 am

Candida auris candidaemia in Indian ICUs: analysis of risk factors

Journal of Antimicrobial Chemotherapy June 2017 V.72 N.6 P.1794-1801

Shivaprakash M. Rudramurthy; Arunaloke Chakrabarti; Raees A. Paul; Prashant Sood; Harsimran Kaur …

Objectives: To identify the risk factors associated with Candida auris candidaemia, as this fungus now poses a global threat.

Methods: We performed a subgroup analysis of a previously reported study of 27 Indian ICUs. The clinical data of candidaemia cases due to C. auris and other Candida species were compared to determine significant risk factors associated with C. auris infection.

Results: Of the 1400 candidaemia cases reported earlier, 74 (5.3%) from 19 of 27 ICUs were due to C. auris. The duration of ICU stay prior to candidaemia diagnosis was significantly longer in patients with C. auris candidaemia (median 25, IQR 12–45 days) compared with the non-auris group (median 15, IQR 9–28, P < 0.001). Based on logistic regression modelling, admission to north Indian ICUs [OR 2.1 (1.2–3.8); P = 0.012], public-sector hospital [OR 2.2 (1.2–3.9); P = 0.006], underlying respiratory illness [OR 2.1 (1.3–3.6); P = 0.002], vascular surgery [OR 2.3 (1.00–5.36); P = 0.048], prior antifungal exposure [OR 2.8 (1.6–4.8); P < 0.001] and low APACHE II score [OR 0.8 (0.8–0.9); P = 0.007] were significantly associated with C. auris candidaemia. The majority (45/51, 88.2%) of the isolates were clonal. A considerable number of isolates were resistant to fluconazole (n = 43, 58.1%), amphotericin B (n = 10, 13.5%) and caspofungin (n = 7, 9.5%).

Conclusions: Although C. auris infection has been observed across India, the number of cases is higher in public-sector hospitals in the north of the country. Longer stay in ICU, underlying respiratory illness, vascular surgery, medical intervention and antifungal exposure are the major risk factors for acquiring C. auris infection even among patients showing lower levels of morbidity.

PDF

https://oup.silverchair-cdn.com/oup/backfile/Content_public/Journal/jac/72/6/10.1093_jac_dkx034/2/dkx034.pdf?Expires=1498654100&Signature=LBtPsalNr9Oyo2KCvUOkwLVDzSjFT9QKEauj9GDmpZAgQzolQhBoTcLXvfvLmR2hPDvfG-RXNicNWgjnxWfRDnGEfK~XL8AGns6tG-pbzMc5oJNar8toEW5GQgQC1sZNZVmAmnn3~wSIUhCUP~YlHwRY~wcuygWftXOEcc4fO3WcrjHXMSqvgLu1SZVAh-XrXZ1mKR2Gi07lJd5ZgqwiLRqs5~4tsk67ZASFWdjgTnKBWu-3Oy43lDCHMUXogL5cg7rft7bOMk5wCzmlTPp2rdNzb9PAGpPXrTz3KPUlBn~7VktjOdpi0CmbU~3Zd6Yv5l-cW3cIWQu-ElDT5w3Cgg__&Key-Pair-Id=APKAIUCZBIA4LVPAVW3Q

June 27, 2017 at 8:00 am

Activity of cefiderocol (S-649266) against carbapenem-resistant Gram-negative bacteria collected from inpatients in Greek hospitals

Journal of Antimicrobial Chemotherapy June 2017 V.72 N.6 P. 1704-1708

EDITOR’S CHOICE

Matthew E. Falagas; Tilemachos Skalidis; Konstantinos Z. Vardakas; Nicholas J. Legakis; on behalf of the Hellenic Cefiderocol Study Group

Background: Cefiderocol (S-649266), a siderophore cephalosporin, utilizes a novel mechanism of entry into the periplasmic space of Gram-negative bacteria and is broadly stable to ESBLs and carbapenemases.

Methods: A collection of carbapenem-resistant Gram-negative bacteria isolated from clinical specimens in 18 Greek hospitals was tested for susceptibility to cefiderocol, meropenem, ceftazidime, cefepime, ceftazidime/avibactam, ceftolozane/tazobactam, aztreonam, amikacin, ciprofloxacin, colistin and tigecycline. Broth microdilution plates were used to determine MICs.

Results: In total 189 non-fermentative Gram-negative bacteria (107 Acinetobacter baumannii and 82 Pseudomonas aeruginosa) and 282 Enterobacteriaceae (including 244 Klebsiella pneumoniae, 14 Enterobacter cloacae and 11 Providencia stuartii) were studied. For both A. baumannii and P. aeruginosa the MIC90 of cefiderocol was 0.5 mg/L. For K. pneumoniae, E. cloacae and P. stuartii the MIC90 of cefiderocol was 1, 1 and 0.5 mg/L, respectively. Tigecycline was the second most active antibiotic, followed by colistin.

Conclusions: Cefiderocol exhibited greater antimicrobial activity in vitro against carbapenem-resistant Gram-negative bacteria than comparator antibiotics.

PDF

https://oup.silverchair-cdn.com/oup/backfile/Content_public/Journal/jac/72/6/10.1093_jac_dkx049/2/dkx049.pdf?Expires=1498653890&Signature=hIt3ISMinohn8k-dCvOh0jDafT3ltZvbrZ1Od8Adr-rNoG77p4hy~gnXRfLbbbwQQr0SNut0vK7GI71SJ-QOxCLiqwxXp85-EZTFDLs36j2VzZen1TwzpcPBFErIt5Jj1V0OKtHTp4~kxRyHS1u07WRtQixoAcViW5yEQcniymmNYL6~OqHBpqaFxMxo9EX1-bBgILzVAToQx2XMz8EUkRgfhSEdUuqoqRFyJM2mRpN~cWvHryiAhC2gkdgfRbrn9hs72yZ5fvqFU4tlslUb2vpOGqWKlndscU9b1MS0v8bbamFTKw6OTBsUEjCbo9kgTsyUKmx~oMVQl96BAmujYA__&Key-Pair-Id=APKAIUCZBIA4LVPAVW3Q

June 27, 2017 at 7:58 am

Older Posts


Calendar

June 2017
M T W T F S S
« May   Jul »
 1234
567891011
12131415161718
19202122232425
2627282930  

Posts by Month

Posts by Category